治疗功能性消化不良的中成药有多种，其中保和丸较为常用。保和丸能消食、导滞、和胃，一般对食积停滞、脘腹胀满等功能性消化不良症状有一定缓解作用。
保和丸：
作用机制：由山楂（焦）、六神曲（炒）、半夏（制）、茯苓等中药组成，通过消食导滞来改善消化不良引发的不适。适用情况：适用于因饮食不节导致的功能性消化不良，比如吃多了油腻食物后出现腹胀、打嗝有酸腐味等情况。
枳实导滞丸：
成分与功效：含枳实（炒）、大黄、黄连（姜汁炒）、黄芩等，有消积导滞、清利湿热的功效。适用场景：对于伴有脘腹胀痛、大便秘结或泻而不爽等症状的功能性消化不良患者有一定帮助，比如消化不良同时有大便不通畅的表现时可考虑。
香砂六君丸：
药物组成：由木香、砂仁、党参、白术（炒）等组成。作用体现：能益气健脾、和胃。适用于脾虚气滞引起的功能性消化不良，像表现为脘腹胀满、消化不良、嗳气食少等症状的人群，尤其是脾虚体质容易出现消化不良的人可以考虑。
参苓白术散：
组成与作用：由人参、茯苓、白术（炒）、山药等组成，可健脾、益气。对于脾虚湿盛导致的功能性消化不良有改善作用，比如伴有体倦乏力、食少便溏等症状的患者，能通过健脾祛湿来缓解消化不良状况。