混合痔外剥内扎术有一定缺点，比如术后疼痛相对较明显，一般术后前几天疼痛较为突出，部分患者可能需要1-2周左右才能明显缓解疼痛。
术后恢复相关缺点
创面愈合时间较长：混合痔外剥内扎术的创面恢复需要一定时间，通常可能需要2-4周甚至更久才能基本愈合，在此期间患者需要注意保持创面清洁等，否则容易出现感染等问题影响愈合。可能出现出血情况：术后有一定概率发生出血，少量出血较常见，但如果出现较多量出血就需要及时处理。一般术后1-2天内相对容易出现少量渗血，但如果出血较多可能会影响恢复进程。
对肛门功能的影响方面
可能导致肛门狭窄：虽然发生率不是特别高，但存在一定风险。如果手术中切除组织过多等情况，可能会引起肛门狭窄，导致患者排便困难等问题，严重时需要进行扩肛等处理来改善。可能影响肛门感觉：手术操作可能会对肛门周围的神经等造成一定影响，部分患者术后可能会出现肛门感觉异常，比如出现肛门坠胀感等不适，这种感觉可能会持续一段时间，给患者带来不适。
术后并发症相关
感染风险：手术创面如果护理不当，就容易发生感染，一旦感染会导致创面红肿、疼痛加剧等，延长恢复时间，增加患者痛苦。比如患者术后不注意肛周清洁，就容易引发感染。尿潴留：部分患者在术后可能会出现尿潴留情况，尤其是术后麻醉作用消退后，由于疼痛等因素影响，导致膀胱逼尿肌收缩无力等，引起排尿困难，需要进行导尿等处理来解决尿潴留问题。