总长口腔溃疡可能由多种原因引起，比如复发性阿弗他溃疡，其发病可能与遗传因素有关，据统计，约40%的患者有家族史；也可能与免疫系统异常相关，当机体免疫力下降时，就容易频繁长口腔溃疡。
局部创伤因素
口腔内异物摩擦：如果口腔里有残根、残冠或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。比如有尖锐残根的患者，可能几个月甚至更短时间就会反复长口腔溃疡。咬伤口腔黏膜：吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，也会形成口腔溃疡。比如有些人吃饭速度快，或者咀嚼不充分，就容易咬到颊黏膜、舌黏膜等，从而导致口腔溃疡反复发作。
全身因素影响
维生素缺乏：当人体缺乏维生素B12、叶酸等维生素时，就比较容易长口腔溃疡。比如长期偏食、挑食的人，蔬菜、水果摄入不足，就可能出现维生素缺乏，进而引发口腔溃疡。一般来说，这类人群可能每隔1 - 2个月就会有口腔溃疡发作。内分泌变化：女性在月经前后，体内激素水平发生变化，也容易长口腔溃疡。研究发现，约有20% - 30%的女性在月经前口腔溃疡会加重。还有些更年期女性，由于内分泌紊乱，也常常反复长口腔溃疡。
其他因素导致
精神因素：长期精神紧张、焦虑、压力大等，会影响人体的免疫系统和内分泌系统，从而增加长口腔溃疡的几率。比如学生在考试期间，或者工作压力大的人群，口腔溃疡发作频率可能会增高，有的可能一个月发作1 - 2次。系统性疾病：一些系统性疾病也会导致反复口腔溃疡，像白塞病，患者除了口腔溃疡外，还可能出现生殖器溃疡、眼部病变等。另外，患有胃溃疡、十二指肠溃疡等胃肠道疾病的人，也容易反复长口腔溃疡，这可能与胃肠道功能紊乱，影响营养吸收等有关。