同房的时候小肚子疼，可能是以下原因引起：
1.生理性因素
同房动作过于剧烈：可能导致腹部肌肉痉挛，引起疼痛。
精液过敏：少数女性可能对精液过敏，导致同房时小肚子疼。
2.病理性因素
盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，如盆腔炎，同房时可能刺激炎症部位，引起肚子疼。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位到子宫以外的部位，如卵巢、盆腔腹膜等，在同房时可能引起疼痛。
其他：子宫肌瘤、卵巢囊肿等妇科疾病，也可能导致同房时小肚子疼。
其他：男性动作过于粗暴、前列腺炎等也可能导致女性同房时肚子疼。
如果同房时小肚子疼的症状持续不缓解，或伴有其他不适，如白带异常、阴道出血等，应及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，对于一些特殊人群，如孕妇、哺乳期女性、有妇科疾病史的女性等，在同房时更要注意，如果出现肚子疼等不适，应及时就医，以确保自身和胎儿的健康。同时，在同房时，应注意动作轻柔，避免过度刺激，以减少不适的发生。