怀孕两周时不知道同房了，一般来说对胚胎的影响相对较小，但仍需关注相关情况。通常怀孕两周处于孕早期的极早期阶段，此时胚胎着床等情况还比较不稳定，但并不是所有同房都会导致不良后果。
胚胎着床情况
怀孕两周时，胚胎大多还未完成着床。如果此时同房，一般不会直接对尚未着床的胚胎造成严重的机械性损伤。因为胚胎还在输卵管或宫腔内游走，尚未牢固附着在子宫内膜上。但要注意避免过度剧烈的同房行为，因为即使胚胎未着床，过于激烈的刺激可能会引起子宫收缩，不过这种情况发生严重问题的概率较低。
激素水平影响
同房本身一般不会明显影响体内的激素水平变化。在怀孕两周时，体内的人绒毛膜促性腺激素（hCG）水平还处于较低的状态，同房不会导致hCG水平出现异常波动。不过孕妇需要保持激素水平的相对稳定，以利于胚胎的正常发育。如果后续出现阴道流血、腹痛等异常情况，要及时就医检查激素水平和胚胎状况。
感染风险
同房有可能增加感染的风险。如果同房时不注意卫生，细菌等病原体有可能侵入阴道、宫颈等部位，进而上行感染到子宫腔。虽然怀孕两周时胚胎还比较脆弱，但一般轻度的感染如果能及时发现并处理，可能影响不大；但如果感染较重，可能会对胚胎发育产生不良影响，比如引起子宫内膜炎等，进而影响胚胎的着床和发育环境。所以孕妇要注意保持外阴清洁，同房前后尽量清洗外阴部位。