休克三期即休克难治期，也称为微循环衰竭期。此期灌流特点表现为：微循环血流停止，不灌不流。
血流动力学变化
此期微血管麻痹扩张，毛细血管中血流缓慢，红细胞聚集，白细胞滚动、贴壁、嵌塞，血小板聚集，血液处于高凝状态，甚至形成微血栓。由于微血管麻痹，对血管活性物质失去反应，血压进行性下降，即使大量补液也难以纠正。
细胞及组织损伤
由于微循环持续缺血、缺氧及微血栓形成，细胞严重受损，线粒体肿胀、嵴断裂，溶酶体破裂释放多种水解酶，导致细胞自溶，组织器官功能严重障碍甚至衰竭。例如，肝脏细胞受损会影响其代谢、解毒等功能；肾脏细胞受损可导致肾功能衰竭，出现少尿或无尿等表现。
代谢紊乱进一步加重
休克难治期机体代谢紊乱持续加重。无氧代谢产生大量乳酸，引起严重的代谢性酸中毒，且难以纠正。同时，由于细胞受损，各种代谢产物堆积，进一步影响细胞的正常功能和内环境的稳定。而且，凝血系统的激活导致消耗性凝血障碍，患者易出现出血倾向，如皮肤瘀斑、消化道出血等，进一步加重病情。
器官功能障碍表现明显
多个器官功能障碍逐渐显现。呼吸系统可出现急性呼吸窘迫综合征，表现为进行性呼吸困难、发绀等；消化系统因肠黏膜缺血、缺氧及屏障功能受损，可出现应激性溃疡、肠麻痹等；神经系统也会受到影响，患者可能出现意识障碍等表现。