扁桃体结石可通过日常清洁、医疗操作等方式去除，具体需根据结石情况而定。
一、小结石自行清理
若结石较小，可尝试用淡盐水漱口，利用水流冲击及盐水的清洁作用，有可能使小结石松动并随漱口水流排出。但要注意漱口时动作轻柔，避免过度用力刺激扁桃体。
二、较大结石就医处理
当结石较大且难以自行清除时，需前往医院，由医生使用专门器械将其取出。医生会在检查后，选择合适的工具小心将结石从扁桃体隐窝中取出，过程中会尽量减少对扁桃体的刺激。
三、频繁出现结石的情况
如果扁桃体结石频繁出现，可能需要考虑扁桃体切除术。但这是在其他保守治疗无效且扁桃体炎症反复发作等情况下才会考虑的方法。对于儿童等特殊人群，若频繁出现扁桃体结石并影响健康，需谨慎评估手术风险，充分考虑儿童的身体发育等情况后再做决定。
四、预防为主减少复发
平时要注意保持口腔清洁，每天早晚正确刷牙，饭后也可适当漱口，减少食物残渣在口腔及扁桃体隐窝处的残留，从而降低扁桃体结石复发的几率。尤其对于儿童，要帮助他们养成良好的口腔卫生习惯，因为儿童口腔自洁能力相对较弱，更易出现结石相关问题。