亚甲炎部分患者有自愈可能，但并非所有患者都能自愈。一般来说，约1/3的亚甲炎患者不经治疗可能在数周~数月内自行缓解，但也有部分患者会出现病情反复或遗留甲状腺功能异常等情况。
病情轻重与自愈的关系
轻症亚甲炎： 如果亚甲炎症状较轻，仅出现轻度的颈部疼痛、低热等表现，部分免疫系统功能较好的患者，在注意休息、避免劳累等情况下，有可能自行恢复。但即使是轻症，也需要密切观察病情变化，因为仍有病情加重的可能。中重症亚甲炎： 对于症状较明显，如颈部疼痛剧烈、发热较高的患者，不治疗自愈的可能性相对较小，而且可能会出现甲状腺功能亢进或减退等并发症。比如出现甲状腺功能亢进时，会有心慌、手抖、多汗等表现；出现甲状腺功能减退时，会有乏力、怕冷、水肿等表现，这些情况通常需要进行干预治疗。
自愈过程中的注意事项
休息方面： 即使认为有自愈可能，患者也需要保证充足的休息。一般建议每天保证7~8小时的睡眠时间，避免过度劳累，因为劳累可能会影响身体的免疫力，不利于病情恢复。饮食方面： 要注意合理饮食，增加营养摄入，多吃富含蛋白质、维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、新鲜的蔬菜水果等，避免吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、咖啡等，这些食物可能会刺激颈部疼痛加重或影响病情恢复。
可能出现的不良后果
甲状腺功能异常： 不治疗的亚甲炎患者有可能出现甲状腺功能亢进期，之后进入甲状腺功能减退期，最后恢复正常，但也有部分患者会遗留甲状腺功能减退，需要长期服用甲状腺素替代治疗。例如有的患者在亚甲炎后会出现永久性甲状腺功能减退，需要终身服药来维持甲状腺激素水平正常。病情反复： 还有可能出现病情反复的情况，患者会再次出现颈部疼痛、发热等症状，影响生活质量。