长效避孕药可能会带来一些副作用，比如约10% - 20%的女性在服药初期可能出现类早孕反应，像恶心、呕吐、头晕、乏力等，一般会在服药1 - 3个月后逐渐减轻或消失。
月经方面的影响
月经周期改变： 部分女性服用长效避孕药后可能出现月经周期紊乱，有的女性月经提前，有的则推迟，提前或推迟1 - 2周都可能出现。月经量变化： 可能导致月经量减少，甚至有些女性出现闭经情况，但这种情况相对较少见，大约占3% - 5%。
对身体代谢的影响
体重变化： 有少数女性服用长效避孕药后会出现体重增加的情况，这可能是因为药物影响了体内的水钠代谢以及脂肪代谢，大约有5% - 8%的女性会有体重上升0.5 - 1公斤的现象。血压变化： 个别女性服用长效避孕药后血压会略有升高，不过一般升高幅度不大，收缩压可能升高5 - 10mmHg，舒张压升高2 - 5mmHg，但也不是所有女性都会出现血压升高，发生率较低。
对内分泌的影响
激素水平波动： 长效避孕药含有雌激素和孕激素，会影响体内的激素平衡。比如会使雌激素水平暂时升高，之后又下降，这种波动可能会引起乳房胀痛，大约有15% - 20%的女性会出现不同程度的乳房胀痛，一般在服药几个月后可能会有所缓解。对脂代谢的影响： 可能会对血脂产生一定影响，使低密度脂蛋白升高，高密度脂蛋白降低，但这种影响相对较轻微，而且不是所有女性都会出现明显的血脂变化。
其他可能的影响
情绪变化： 少数女性服用长效避孕药后可能会出现情绪波动，比如容易烦躁、抑郁等，但这种情况比较少见，发生率低于3%。皮肤问题： 个别人可能会出现皮肤变差的情况，比如长痘痘等，但这也不是普遍现象。不过如果出现较为明显的副作用，女性应该及时就医，在医生的指导下考虑是否继续服用长效避孕药或者更换其他避孕方式。