同房时肚子疼可能是盆腔炎、子宫内膜异位症、宫颈炎、黄体破裂等原因所致，可以通过B超、CT、血常规等检查方式进行诊断，建议及时就医。具体分析如下：
1.盆腔炎：女性上生殖道及其周围组织的炎症，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，最常见的是输卵管炎、输卵管卵巢炎。多发生在性活跃期、有月经的妇女，初潮前、绝经后或未婚者很少发生盆腔炎。若未能得到及时正确的治疗，可能会导致不孕症、异位妊娠、慢性盆腔痛等。
2.子宫内膜异位症：具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位时，称为子宫内膜异位症。异位的子宫内膜可侵犯全身任何部位，如脐、膀胱、肾、输尿管、肺、胸膜、乳腺，甚至手臂、大腿等处，但绝大多数位于盆腔脏器和壁腹膜，以卵巢、宫骶韧带最常见，其次为子宫及其他脏腹膜、阴道直肠隔等部位。
3.宫颈炎：子宫颈阴道部炎症，若未能及时治疗，可引起子宫内膜炎、盆腔炎等，进而影响受孕。
4.黄体破裂：正常情况下，黄体内有少量出血，但如果出血太多，就可能增加黄体内的压力，从而发生自发性破裂。有人认为，思想过分紧张、剧烈运动、大便用力，或与妊娠有关的子宫变化，如妊娠后性生活、流产后性生活等，均可能促使黄体破裂。
5.其他：同房时肚子疼还可能与其他因素有关，如男方动作过于粗暴、女方对精液过敏等。
患者在治疗期间需要注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换内裤，避免食用辛辣、刺激性食物。同时，应避免过度劳累和剧烈运动，注意休息。