左旋肉碱正常合理使用一般不会有严重危害，但如果过量或不恰当使用可能带来一些问题。比如长期大剂量服用左旋肉碱可能会对胃肠道产生影响，有研究发现部分人可能出现恶心、呕吐、腹泻等胃肠道不适症状。
对神经系统的潜在影响
可能引发神经兴奋： 有个别案例显示，长期过量服用左旋肉碱后，可能会出现神经兴奋的情况，表现为难以入睡、精神过度亢奋等。不过这种情况相对较少见，但也需要引起注意。对特定人群需谨慎： 对于本身有神经系统基础疾病的人群，比如有癫痫病史的人，使用左旋肉碱时要格外小心，因为目前虽没有明确证据表明一定会诱发癫痫发作，但存在一定潜在风险，需在医生评估下使用。
对肾脏方面的影响
可能增加肾脏代谢负担： 正常情况下人体自身可以合成左旋肉碱，一般不需要额外大量补充。但如果大量补充左旋肉碱，就会加重肾脏的代谢负担。尤其是本身肾脏功能不太好的人，肾脏处理过多外来左旋肉碱的能力下降，长期如此可能会对肾脏功能产生一定不良影响。肾功能不全者需严格遵医嘱： 肾功能不全的患者使用左旋肉碱时，必须严格遵循医生的指导，医生会根据患者的具体肾功能情况来权衡是否使用以及使用的剂量等，因为这类人群肾脏对物质的排泄等功能受限，更易因左旋肉碱使用不当而出现问题。
与药物相互作用带来的风险
与某些药物可能产生相互作用： 左旋肉碱可能会与一些药物发生相互作用。例如，它可能会影响一些降压药的代谢等情况。如果正在服用降压药等其他药物，同时又使用左旋肉碱，就需要密切关注身体反应，必要时咨询医生调整用药方案，以避免因药物相互作用而出现不良反应。用药前告知医生病史： 在使用左旋肉碱之前，一定要向医生详细告知自己的病史，包括是否有其他疾病、正在服用的其他药物等情况，让医生全面评估使用左旋肉碱的安全性，防止因药物相互作用带来潜在危害。