复杂性肛瘘的诊断主要通过多种方式综合判断。首先，医生会详细询问病史，包括肛瘘出现的时间、有无反复肿痛、流脓等情况。一般来说，通过肛门指检可以初步了解肛瘘内口的位置等信息，大约70%的肛瘘内口可通过肛门指检触及。
肛门视诊：
外观观察： 医生会观察肛门周围皮肤，看是否有红肿、破溃口等情况。如果肛门周围有多个破溃口，且有反复流脓、肿痛史，就要考虑复杂性肛瘘的可能。外口特点： 复杂性肛瘘的外口可能形态不规则，有的外口会有多个，分布范围较广。
探针检查：
探针探查内口： 医生会用探针从肛瘘的外口探入，尝试找到内口。不过对于复杂性肛瘘，探针探查可能不太容易准确找到内口，因为其瘘管可能分支较多、走行复杂。一般来说，探针探查能帮助初步判断瘘管的走行方向，但对于复杂情况还需要结合其他检查。
影像学检查：
磁共振成像（MRI）： MRI对复杂性肛瘘的诊断价值较高。它可以清晰地显示肛瘘的瘘管走行、分支情况以及与周围组织的关系。例如，通过MRI能看到瘘管是否累及括约肌等重要结构。一般在检查时，患者需要保持安静，配合医生完成检查。超声检查： 超声也可用于复杂性肛瘘的辅助诊断。经直肠超声能够观察到肛瘘的瘘管以及内口情况，尤其是对低位复杂性肛瘘有一定的诊断价值，但对于高位复杂性肛瘘的显示可能不如MRI清晰。