肛门湿的治疗需根据具体病因来定。一般来说，若是肛周湿疹导致的肛门湿，可通过局部用药等方式改善。
局部外用药物选择
糖皮质激素软膏：如氢化可的松软膏，能起到抗炎、抗过敏的作用，减轻肛门周围因湿疹等引起的炎症反应，缓解潮湿、瘙痒等症状，但连续使用不宜超过2周。钙调磷酸酶抑制剂：像他克莫司软膏，适用于不宜使用糖皮质激素的部位，可改善肛门湿的情况，不过可能会有局部灼热等不适感。
保持局部清洁卫生
清洁频率：每天至少用温水清洗肛门部位1 - 2次，保持局部清洁干燥。清洗时要注意水温不宜过高，一般30 - 40℃较为合适，避免过度搓洗，以免损伤皮肤。清洁用品选择：尽量使用温和无刺激的清洁产品，避免使用含有香料、酒精等刺激性成分的肥皂或沐浴露。
针对病因治疗原发疾病
肠道寄生虫感染：如果是肠道寄生虫感染引起的肛门湿，需进行驱虫治疗。但驱虫药物的使用要在医生指导下进行，不同的寄生虫选用的药物不同，例如蛔虫感染可选用阿苯达唑等药物，但2岁以下儿童禁用阿苯达唑。肛周疾病：若是肛瘘、痔疮等肛周疾病导致的肛门湿，对于肛瘘可能需要手术治疗来修复瘘管；痔疮可根据病情采取药物治疗或手术治疗等，如痔疮较轻时可使用马应龙麝香痔疮膏等药物缓解症状，但严重的痔疮可能需要手术切除。