口腔粘膜炎可以使用一些药物来治疗，比如含漱液类药物。常用的有氯己定含漱液，它能抑制口腔内细菌生长，对口腔粘膜炎有一定的辅助治疗作用，一般每天使用2 - 3次。
局部用药缓解症状
口腔溃疡散类： 像一些含有青黛、冰片等成分的口腔溃疡散，能起到清热敛疮的作用，可用于缓解口腔粘膜炎引起的疼痛、溃烂等症状。将适量药物涂抹在患处，能促进创面愈合。重组人表皮生长因子凝胶： 它可以促进口腔黏膜细胞的增殖、迁移，加速创面的修复。直接涂抹在口腔粘膜炎的患处，能有效改善症状。
针对病因用药
感染性口腔粘膜炎： 如果是细菌感染导致的口腔粘膜炎，可以使用抗生素类药物。比如头孢类抗生素，但具体使用需根据感染情况由医生判断，一般不建议自行随意使用。如果是病毒感染引起的口腔粘膜炎，可能需要使用抗病毒药物，如阿昔洛韦，但同样要在医生指导下使用。放化疗引起的口腔粘膜炎： 对于肿瘤患者放化疗后出现的口腔粘膜炎，有时会使用谷氨酰胺制剂。它可以参与细胞代谢，维护黏膜屏障功能，有助于减轻放化疗导致的口腔粘膜炎症状。
注意事项及特殊人群
儿童患者： 儿童使用治疗口腔粘膜炎的药物需要特别谨慎。比如儿童使用含漱液时，要防止误吞，且药物的选择和用量都要严格遵循儿科医生的建议。孕妇患者： 孕妇出现口腔粘膜炎时，用药更要小心。一些药物可能会对胎儿产生影响，所以必须在医生评估后，选择相对安全的药物进行治疗，避免自行盲目用药。过敏体质者： 如果患者对某些治疗口腔粘膜炎的药物成分过敏，比如对氯己定过敏，就不能使用氯己定含漱液。在使用任何新的药物之前，都要告知医生自己的过敏史。