生理性因素
前列腺素分泌增加：大姨妈第三天时，子宫内膜会大量合成并释放前列腺素。前列腺素能引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态，从而出现肚子疼的情况。这是一种比较常见的生理现象，一般在青春期女性中较为多见，因为青春期女性的生殖内分泌轴逐渐完善，前列腺素的分泌调节可能相对不稳定。
子宫收缩：月经期子宫会进行收缩以排出经血，正常情况下子宫收缩是有规律且可以耐受的，但个体之间存在差异，部分女性可能对子宫收缩比较敏感，在第三天时子宫收缩相对明显，导致肚子疼。
病理性因素
子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时称为子宫内膜异位症。异位的内膜组织会随着月经周期发生周期性出血，刺激周围组织，引起疼痛。这种疼痛多为继发性痛经，且进行性加重，可能在大姨妈第三天就出现较明显的肚子疼，还可能伴有月经量增多、经期延长等症状，多见于育龄期女性。
子宫腺肌病：子宫腺肌病是子宫内膜腺体和间质侵入子宫肌层形成弥漫或局限性的病变。主要症状是经量过多、经期延长和逐渐加重的进行性痛经，疼痛位于下腹正中，常于月经前一周开始，直至月经结束，所以在大姨妈第三天也可能出现肚子疼的情况，多见于30-50岁经产妇。
盆腔炎：盆腔存在炎症时，月经期盆腔充血会加重炎症反应，导致肚子疼。盆腔炎引起的腹痛多为下腹部持续性疼痛，可伴有发热、阴道分泌物增多等症状，在大姨妈第三天身体抵抗力相对较低时，炎症刺激可能更明显。
如果大姨妈第三天肚子疼症状较轻，可通过保暖、休息等方式缓解；若疼痛严重影响生活，建议及时就医，进行相关检查，如妇科超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。对于青春期女性，要注意经期卫生和生活规律；育龄期女性如果有备孕计划或出现月经异常伴腹痛等情况要及时就诊；经产妇出现相关症状也不能忽视，应积极排查病因。