脑炎由病毒感染引起，临床上一般不应用抗生素进行治疗，主要是进行抗病毒治疗，常用的药物有阿昔洛韦和更昔洛韦，如果患者是重症脑炎，可能会引起昏迷或者植物状态。
患者长期卧床时可能会引起坠积性肺炎，也可能会引起下肢深静脉血栓形成以及褥疮感染。如果患者有褥疮感染和坠积性肺炎时，应给予抗生素治疗，肺炎的患者应用头孢类抗生素，临床上常用的有头孢曲松钠和头孢哌酮舒巴坦。
如果考虑是褥疮感染时，也可以应用抗厌氧菌的药物比如替硝唑、甲硝唑，另外也可以应用头孢类抗生素，是一种广谱抗生素，对球菌或者杆菌感染的患者均有效。