三个月宝宝脸上长湿疹，可能与遗传、过敏、皮肤屏障功能不完善等有关。以下是一些处理建议：
1.保持皮肤清洁：用温水清洗宝宝的脸部，避免使用刺激性的清洁产品。洗完后，用柔软的毛巾轻轻擦干。
2.注意保湿：湿疹宝宝的皮肤容易干燥，洗完脸后要及时涂抹保湿霜。可以选择含有天然油脂、凡士林等成分的保湿霜。
3.选择合适的衣物：给宝宝穿宽松、柔软的棉质衣物，避免穿化纤、羊毛等材质的衣物，以免刺激皮肤。
4.避免过度摩擦：不要过度摩擦宝宝的脸部，尤其是不要用力擦拭。
5.调整饮食：如果宝宝是母乳喂养，妈妈要注意自己的饮食，避免食用辛辣、油腻、海鲜等易过敏的食物。如果宝宝已经开始添加辅食，要注意添加的食物是否会引起过敏。
6.避免接触过敏原：尽量避免宝宝接触过敏原，如花粉、尘螨、动物毛发等。
7.就医治疗：如果湿疹严重，宝宝瘙痒明显，或者出现感染等情况，需要及时就医。医生可能会开一些外用药物，如糖皮质激素乳膏、抗生素乳膏等，帮助缓解症状。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，所以处理方法也可能会有所差异。如果对宝宝的湿疹有任何疑问，最好咨询医生的意见。