化脓性感染中最常见的病原菌是金黄色葡萄球菌，约有50%的化脓性感染由它引起。
金黄色葡萄球菌的特点
致病力强： 金黄色葡萄球菌能产生多种毒素和酶，比如溶血素、杀白细胞素等，这些物质会破坏人体组织，引发感染部位的炎症反应，导致化脓等症状。耐药情况： 目前金黄色葡萄球菌对很多常用抗生素都出现了不同程度的耐药性，给临床治疗带来一定挑战。
其他常见病原菌
大肠杆菌： 它是肠道内的正常菌群，但在特定条件下会成为致病菌。在化脓性感染中，肠道来源的大肠杆菌感染较为常见，比如泌尿系统感染合并化脓时，大肠杆菌是常见病原菌之一。它能产生一些毒性物质，引起组织的炎症化脓改变。铜绿假单胞菌： 多存在于潮湿环境中，医院内的一些医疗器械污染等情况可能导致铜绿假单胞菌引起化脓性感染。它分泌的绿色色素是其特征之一，该菌感染往往比较顽固，容易造成慢性化脓性病变。
链球菌属
A组链球菌： 可引起多种化脓性疾病，像丹毒就是由A组链球菌感染导致的皮肤化脓性炎症，表现为局部皮肤红肿、疼痛、发热等化脓性表现。它能产生透明质酸酶等物质，帮助细菌扩散。肺炎链球菌： 虽然主要引起肺炎，但也可导致化脓性脑膜炎等其他化脓性感染。在化脓性脑膜炎病例中，部分是由肺炎链球菌感染引起，该菌会侵袭脑膜，引发化脓性炎症反应。