十二指肠溃疡首选的检查方法主要有胃镜检查，一般来说，胃镜检查可以直接观察十二指肠黏膜的病变情况，诊断准确率较高。
胃镜检查
直接观察病变：胃镜能清晰看到十二指肠球部及降部的黏膜，可发现溃疡的部位、大小、形态等，还能取组织进行病理活检，明确病变性质。准备注意：检查前需禁食6~8小时，若有幽门梗阻，需先洗胃。
钡餐造影检查
间接显示病变：患者口服钡剂后，在X线下观察十二指肠的形态、蠕动情况等。若有溃疡，可显示出龛影等间接征象。适用情况：对于不能耐受胃镜检查的患者可选用，不过其诊断准确性相对胃镜稍低。
幽门螺杆菌检测
相关检查：包括尿素呼气试验、血清学检测、粪便抗原检测等。尿素呼气试验：是比较常用的方法，患者口服含有标记碳的尿素胶囊后，检测呼出气体中标记碳的含量来判断是否感染幽门螺杆菌，这种方法无创且准确率较高，一般15~30分钟就能出结果。血清学检测则是通过检测血液中幽门螺杆菌抗体来判断既往感染情况，但不能区分是现症感染还是既往感染。粪便抗原检测相对简便，通过检测粪便中的幽门螺杆菌抗原来判断是否有现症感染。