怀孕三个月时出现阴道流血但肚子不疼，可能是以下原因引起：
1.先兆流产
胚胎或胎儿染色体异常是早期流产的主要原因。
孕妇内分泌失调，如黄体功能不足、甲状腺功能减退等。
孕妇患有全身性疾病，如严重感染、高热疾病、严重贫血或心力衰竭等。
孕妇受到外界不良因素的刺激，如过度劳累、剧烈运动、性生活、情绪过度激动或紧张等。
子宫畸形、子宫肌瘤等子宫结构异常。
2.宫颈病变
宫颈息肉。
宫颈癌前病变或宫颈癌。
3.其他
胎盘前置状态或低置胎盘。
妊娠期高血压疾病。
胎膜早破。
无论何种原因引起的怀孕三个月阴道流血，都需要引起重视，及时就医。医生一般会进行详细的妇科检查、B超检查、血液检查等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
对于怀孕三个月出现阴道流血的孕妇，建议：
1.立即卧床休息，避免剧烈运动和性生活。
2.保持良好的心态，避免紧张和焦虑情绪。
3.按照医生的建议进行治疗，如保胎治疗、抗感染治疗等。
4.注意个人卫生，保持外阴清洁。
5.定期复查，密切关注胎儿的发育情况。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果出现怀孕三个月阴道流血的情况，建议及时就医，以确保孕妇和胎儿的安全。此外，对于高危孕妇（如年龄较大、有不良孕产史、患有基础性疾病等），应更加密切地关注孕期情况，定期进行产前检查，以便及时发现和处理问题。