包皮上起小水泡可能是生殖器疱疹、包皮龟头炎、过敏等原因引起的，可以通过药物治疗、改善生活习惯等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。表现为龟头、冠状沟、包皮等部位出现水疱、溃疡，伴有疼痛、瘙痒等症状。可以使用抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等进行治疗。在治疗期间，应避免性生活，注意个人卫生，保持局部清洁干燥。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌感染，或局部刺激等因素引起。表现为包皮和龟头出现红斑、丘疹、水疱等，伴有瘙痒、疼痛、异味等症状。可以使用抗生素或抗真菌药物进行治疗，如红霉素、克霉唑等。同时，要注意保持局部清洁，避免刺激。
3.过敏：如果对避孕套、内裤等过敏，也可能导致包皮上起小水泡。此外，使用某些药物、食物过敏也可能引起过敏反应。此时应避免接触过敏原，使用抗组胺药物，如氯雷他定、西替利嗪等进行治疗。
患者在治疗期间需要注意个人卫生，勤换内裤，避免搔抓、摩擦患处，以免加重病情。同时，应避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等。