包皮上起小水疱的原因有很多，消除方法因病因而异，以下是一些可能的建议：
1.感染：
原因：细菌、病毒、真菌等感染都可能导致包皮上起小水疱。
建议：保持局部清洁，使用外用药物（如抗生素、抗病毒药物）或口服药物来治疗感染。
2.过敏：
原因：对避孕套、清洁剂、某些食物或药物过敏可能导致包皮上起小水疱。
建议：避免接触过敏原，使用抗过敏药物，如氯雷他定、西替利嗪等。
3.生殖器疱疹：
原因：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。
建议：就医诊断，根据医生的建议使用抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等。
4.其他：
原因：摩擦、创伤、自身免疫性疾病等也可能导致包皮上起小水疱。
建议：就医诊断，根据具体病因进行治疗。
需要注意的是，以上建议仅供参考，具体的治疗方法应根据个人情况和医生的建议来确定。在处理任何健康问题时，最好咨询专业的医疗人员。