亚急性感染性心内膜炎的致病菌主要是草绿色链球菌，约占全部致病菌的50%~60%。
草绿色链球菌相关情况
草绿色链球菌特点： 这类细菌致病力相对较弱，常在有基础心脏病变的情况下引发感染，比如患者本身有二尖瓣脱垂、先天性心脏病等基础心脏疾病时，容易被草绿色链球菌侵袭导致亚急性感染性心内膜炎。
肠球菌相关情况
粪肠球菌与屎肠球菌： 肠球菌也是亚急性感染性心内膜炎的常见致病菌，其中粪肠球菌和屎肠球菌较为多见。肠球菌引起的感染有时比较顽固，在治疗上可能需要选择合适的抗菌药物来针对性治疗。
表皮葡萄球菌相关情况
表皮葡萄球菌致病： 表皮葡萄球菌也可作为亚急性感染性心内膜炎的致病菌之一。它在人体皮肤表面等部位常见，当皮肤黏膜屏障受损或者有机会进入心脏等部位时，就可能引发感染，导致亚急性感染性心内膜炎的发生。
其他少见致病菌情况
其他病菌： 还有一些少见的致病菌也可能引起亚急性感染性心内膜炎，比如HACEK组细菌（包括嗜血杆菌属、放线杆菌属、人心杆菌、艾肯菌属、金氏菌属）等。这些病菌相对来说在亚急性感染性心内膜炎的致病中占比较小，但也不容忽视，一旦感染同样需要及时进行诊断和治疗，根据药敏试验等选择合适的抗菌药物来控制感染。