肝内胆结石形成的原因较为复杂，主要与胆汁成分改变、胆道感染及胆道寄生虫等因素相关。比如，胆汁中的胆固醇、胆色素等成分比例失调，就容易促使胆结石形成。
胆汁成分改变相关因素
胆固醇过饱和： 当胆汁中胆固醇含量过高，超出了胆汁酸和磷脂所能溶解的限度时，胆固醇就会析出结晶，逐渐形成胆结石。正常情况下，胆汁中的胆汁酸、磷脂与胆固醇保持一定的比例，维持胆固醇的溶解状态。如果这个比例失衡，就容易引发胆固醇结石。胆色素代谢异常： 胆红素在胆汁中与葡萄糖醛酸结合形成可溶性的结合胆红素。但如果胆道感染等原因导致胆红素钙沉淀，或者肠道寄生虫进入胆道，影响胆红素代谢，就可能形成胆色素结石。例如，胆道蛔虫病患者就容易出现胆色素结石。
胆道感染因素
细菌感染影响： 胆道发生细菌感染时，细菌产生的酶会使胆汁中的结合胆红素水解为非结合胆红素，非结合胆红素与钙结合形成胆红素钙，进而沉淀形成结石。常见的引发胆道感染的细菌有大肠杆菌等。炎症刺激作用： 胆道的慢性炎症会导致胆道黏膜受损，黏膜脱落物、细菌等容易成为结石形成的核心。长期的炎症刺激还会影响胆汁的正常排泄和成分，为胆结石的形成创造条件。
胆道寄生虫因素
蛔虫感染影响： 蛔虫进入胆道后，会带来细菌等异物，改变胆道内环境。蛔虫的残骸、虫卵等可成为结石的核心，促使胆结石形成。而且蛔虫在胆道内活动可能会造成胆道梗阻，进一步影响胆汁的排出和成分，增加胆结石发生的风险。其他寄生虫影响： 如肝吸虫等寄生虫感染胆道时，也可能参与胆结石的形成过程。寄生虫在胆道内的寄生会干扰胆汁的正常代谢和流动，导致胆汁成分异常，引发结石。