肝内胆管结石的形成与多种因素相关。一般来说，胆道感染是重要诱因之一，比如胆道蛔虫症就可能引发肝内胆管结石，有研究显示约有10% - 15%的肝内胆管结石患者曾有胆道蛔虫病史。
胆汁成分改变相关因素
胆汁中胆固醇、胆色素等成分比例失调：正常情况下，胆汁中的各种成分保持相对平衡。当胆汁中胆固醇含量过高，或者胆色素代谢出现异常时，就容易形成结石。例如，长期高脂肪饮食的人，胆汁中胆固醇浓度升高，增加了肝内胆管结石形成的风险。还有一些人由于胆红素代谢障碍，使得胆汁中胆红素含量相对增多，也为结石形成创造了条件。胆汁淤滞：胆道狭窄、胆管畸形等情况会导致胆汁排出不畅，胆汁在胆管内淤积。胆汁中的一些成分就会逐渐沉淀、聚集，进而形成结石。比如先天性胆管狭窄的患者，相较于胆道通畅的人，肝内胆管结石的发病几率明显更高。
寄生虫感染因素
华支睾吸虫感染：华支睾吸虫感染是我国肝内胆管结石的常见病因之一。华支睾吸虫寄生在胆道内，会引起胆道炎症、胆管上皮损伤等，同时虫体本身及其代谢产物可作为核心，促使胆色素结石的形成。据统计，在肝内胆管结石患者中，约有30% - 40%与华支睾吸虫感染有关。当人体食用了未煮熟的含有华支睾吸虫囊蚴的淡水鱼虾后，囊蚴在胆道内发育为成虫，长期的寄生虫感染就会逐步引发肝内胆管结石。
其他因素
遗传因素：部分肝内胆管结石患者存在一定的遗传易感性。有研究发现，某些特定基因的突变可能会影响胆汁的成分和胆道的结构，使得个体更容易患上肝内胆管结石。虽然遗传因素不是主要的致病因素，但在有家族史的人群中，肝内胆管结石的发病风险相对会有所增加。营养不良：长期营养不良，尤其是蛋白质摄入不足等情况，可能会影响胆汁的正常代谢。比如，蛋白质缺乏会导致胆汁中的蛋白含量降低，胆汁的稳定性受到影响，从而增加结石形成的可能性。一些经济条件较差、饮食结构单一的地区，肝内胆管结石的发病率相对较高，就与营养不良有一定关系。