吞咽时耳朵疼可能由以下原因引起：
1.耳部疾病：如外耳道炎、中耳炎等，炎症可导致耳部疼痛，吞咽时耳部疼痛可能加重。
2.咽喉疾病：如扁桃体炎、咽炎等，吞咽时疼痛可放射至耳部。
3.耳部损伤：如耳部外伤、耵聍栓塞等，可导致耳部疼痛。
4.神经痛：如三叉神经痛、舌咽神经痛等，可引起耳部放射性疼痛。
5.其他：如颞下颌关节紊乱、茎突过长等，也可能导致吞咽时耳朵疼。
需要注意的是，吞咽时耳朵疼可能是多种疾病的症状之一，严重时可影响听力和生活质量。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、听力下降、耳鸣等，应及时就医，进行详细的耳部检查和相关治疗。同时，在就诊前应避免自行掏耳、滴耳液等操作，以免加重病情。