雌激素和孕激素都是女性体内重要的性激素，但它们有明显区别。雌激素可以促进女性生殖器官的发育，一般女性体内雌激素水平在月经周期中会有周期性变化，卵泡期雌激素水平逐渐升高，排卵期达到一个高峰。而孕激素通常在排卵后由黄体分泌增加，它能为受精卵着床做准备等。
来源与产生部位不同
雌激素来源：主要由卵巢的卵泡细胞等分泌，另外，肾上腺皮质、胎盘等也能分泌少量雌激素。孕激素来源：主要由卵巢的黄体分泌，怀孕后胎盘也会大量分泌孕激素。
生理功能不同
雌激素的生理功能：能促进女性第二性征的发育，比如使乳房发育等；还能影响子宫内膜的生长，使子宫内膜增殖；对骨骼也有一定作用，能促进骨的生长，维持骨密度等。例如，青春期女性雌激素水平升高，会出现乳房增大、骨盆变宽等第二性征变化。孕激素的生理功能：主要作用于子宫内膜，使增殖期子宫内膜转化为分泌期内膜，为受精卵着床做准备；如果没有受孕，孕激素水平下降，子宫内膜脱落形成月经；孕激素还能抑制子宫平滑肌的收缩，起到安胎的作用等。比如怀孕后，孕激素水平升高，维持子宫处于相对稳定的状态，利于胚胎发育。
临床应用不同
雌激素的临床应用：可用于治疗雌激素缺乏引起的相关疾病，像更年期综合征，补充雌激素可以缓解潮热、出汗、失眠等症状；还可用于一些卵巢功能不全等疾病的治疗。孕激素的临床应用：常用于先兆流产和习惯性流产的保胎治疗，通过补充孕激素来维持妊娠；也可用于调节月经周期，比如月经不调时，使用孕激素可以使子宫内膜转化，停药后引起撤退性出血，达到调整月经的目的。