三个月宝宝拉肚子，可能是由多种原因引起的，如消化不良、肠道感染等。以下是一些适合三个月宝宝使用的药物：
1.益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善肠道微生态，有助于缓解拉肚子的症状。常用的益生菌有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等。在医生的指导下，按照说明书的剂量使用。
2.蒙脱石散：蒙脱石散是一种肠道黏膜保护剂，能够吸附肠道内的有害物质，减轻肠道炎症。使用时需注意蒙脱石散要在饭前服用，且与其他药物需间隔一段时间。
3.口服补液盐：如果宝宝拉肚子导致脱水，需要及时补充水分和电解质。口服补液盐可以补充丢失的水分和电解质，维持水、电解质平衡。按照说明书的比例冲调，少量多次服用。
4.消旋卡多曲颗粒：消旋卡多曲颗粒可以减少肠道蠕动，延长食物在肠道内的停留时间，从而减轻拉肚子的症状。适用于治疗急性腹泻。
5.其他药物：如果宝宝拉肚子是由细菌感染引起的，可能需要使用抗生素治疗。但在使用抗生素之前，需要先进行药敏试验，选择敏感的抗生素。
需要注意的是，药物的使用应该在医生的指导下进行，不要自行给宝宝用药。此外，还可以采取一些非药物治疗措施，如调整饮食、注意腹部保暖等。如果宝宝拉肚子的症状持续不缓解或出现其他异常症状，如发热、呕吐、脱水等，应及时就医，以免延误病情。