三个月宝宝拉肚子，可能是由多种原因引起的，如消化不良、肠道感染等。因此，在选择药物时，需要根据具体病因进行治疗。以下是一些可能的原因和建议：
1.消化不良：如果宝宝是因为消化不良引起的拉肚子，可以服用一些益生菌，如双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等，以调节肠道菌群。同时，还可以服用一些蒙脱石散，以收敛止泻。
2.肠道感染：如果宝宝是因为肠道感染引起的拉肚子，需要根据感染的类型选择合适的药物。如果是细菌感染，可以服用一些抗生素，如头孢克洛干混悬剂等；如果是病毒感染，一般不需要使用抗生素，可在医生的指导下服用一些抗病毒药物，如利巴韦林颗粒等。
3.其他原因：除了上述原因外，宝宝拉肚子还可能是由于乳糖不耐受、过敏等原因引起的。如果是乳糖不耐受，需要在医生的指导下，使用无乳糖奶粉或添加乳糖酶的奶粉；如果是过敏，需要避免接触过敏原，并在医生的指导下使用抗过敏药物，如氯雷他定糖浆等。
需要注意的是，三个月的宝宝身体各器官还没有发育成熟，对药物的耐受性和代谢能力都比较差。因此，在给宝宝服用药物时，需要严格按照医生的建议剂量和使用方法进行服用，避免自行增减药量或服用其他药物。同时，在治疗期间，还需要注意宝宝的饮食卫生，避免食用不洁食物和生冷食物，多给宝宝喝一些水，以防止脱水。如果宝宝的拉肚子症状持续时间较长或伴有其他症状，如发热、呕吐、腹痛等，需要及时就医，以便明确病因并进行治疗。