三个月宝宝消化不良，可能是由以下原因引起的：
1.生理原因：宝宝的消化系统尚未完全发育成熟，胃酸和消化酶的分泌量相对较少，容易导致消化不良。此外，宝宝的饮食以母乳或配方奶为主，这些食物相对较容易消化，但如果宝宝吃得过多或过快，也可能导致消化不良。
2.病理原因：如果宝宝患有某些疾病，如感染、过敏、肠道疾病等，也可能导致消化不良。
3.喂养方式不当：如果宝宝的喂养方式不当，如过度喂养、奶嘴孔径过大或过小、喂奶姿势不正确等，也可能导致消化不良。
4.环境因素：如果宝宝所处的环境温度过高或过低、湿度过大或过小等，也可能影响宝宝的消化功能。
针对三个月宝宝消化不良的情况，可以采取以下措施：
1.调整饮食：如果宝宝是母乳喂养，妈妈应注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物；如果宝宝是配方奶喂养，应按照说明进行冲泡，避免浓度过高或过低。同时，应注意控制宝宝的饮食量，避免过度喂养。
2.按摩腹部：妈妈可以用手掌轻轻按摩宝宝的腹部，促进肠道蠕动，帮助消化。
3.服用益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善消化不良症状。如果宝宝消化不良的情况较为严重，可以在医生的指导下服用益生菌。
4.就医治疗：如果宝宝消化不良的情况持续时间较长或伴有其他症状，如腹泻、呕吐、发热等，应及时就医，以便明确病因并进行治疗。
需要注意的是，在给宝宝添加辅食时，应遵循由少到多、由稀到稠的原则，逐渐增加辅食的种类和数量。同时，应注意保持宝宝的饮食卫生，避免食用不洁食物。