羊水污染通常是胎儿在子宫内排出胎便等物质导致的，一般有3种常见原因。首先是胎儿窘迫，当胎儿在宫内缺氧时，会刺激其排便反射，从而排出胎便使羊水污染，据统计，约有20% - 30%的羊水污染与胎儿窘迫相关。
胎儿窘迫相关因素
胎盘功能不全： 胎盘是胎儿获取营养和氧气的重要器官，如果胎盘功能出现不全，比如胎盘老化、胎盘早剥等情况，会影响胎儿的氧气和营养供应，进而容易引发胎儿窘迫，导致羊水污染。胎盘早剥发生时，胎盘与子宫壁之间出血，会干扰胎儿的正常血氧交换。脐带因素： 脐带是连接胎儿和胎盘的通道，若脐带绕颈、打结、扭转等，会影响胎儿的血液循环，使胎儿缺氧，引发胎儿窘迫，造成羊水污染。脐带绕颈较常见，大约有20%的胎儿会出现脐带绕颈情况，当绕颈过紧时就可能影响胎儿氧供。
胎粪排出相关情况
胎龄因素： 孕晚期时胎儿肠道功能逐渐成熟，更容易排出胎便。一般孕37周以后的胎儿，相对来说胎粪排出导致羊水污染的几率会更高一些。因为随着胎龄增加，胎儿肠道内胎便积累到一定程度，在宫内环境变化时更易排出。胎儿消化系统发育： 如果胎儿消化系统发育异常，也可能导致胎便过早排出到羊水中引起污染。比如某些先天性肠道畸形的胎儿，肠道蠕动等功能出现异常，使得胎便提前排入羊水。
其他可能因素
母体因素： 母体患有一些疾病也可能影响羊水情况，像母体患有妊娠高血压疾病时，会影响胎盘的血流灌注，间接影响胎儿，增加羊水污染的风险。母体妊娠高血压疾病的发生率约为5% - 10%左右，患病时对胎儿宫内环境有不良影响。感染因素： 母体在孕期发生感染，比如泌尿系统感染等，炎症可能会影响子宫内环境，也可能波及胎儿，导致胎儿出现应激反应，进而引起羊水污染。孕期感染的发生率因感染类型不同而有所差异，一般约在2% - 5%左右。