一岁三个月宝宝发烧39度，可采取以下降温措施：
1.物理降温：用温水擦拭宝宝的手心、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴。
2.补充水分：发烧会导致宝宝体内水分流失，及时补充水分有助于降温。
3.减少衣物：不要给宝宝穿过多的衣物，以免影响散热。
4.观察宝宝状态：注意观察宝宝的精神状态、呼吸、饮食等情况，如有异常应及时就医。
5.使用退烧药：如果宝宝体温持续升高或出现高热惊厥等症状，可在医生的指导下使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。
6.就医：如果宝宝发烧持续时间较长或伴有其他症状，如咳嗽、呕吐、腹泻等，应及时就医，明确病因，进行针对性治疗。
需要注意的是，在给宝宝使用退烧药时，要按照说明书的剂量使用，不要超量服用。同时，要密切观察宝宝的体温变化和身体状况，如有异常应及时就医。如果宝宝出现高热惊厥等紧急情况，应立即送往医院进行治疗。