月经没有完全干净时同房一般不会怀孕，但可能会引起多种妇科疾病，因此月经期间应尽量避免同房。
月经的主要成分是血液、子宫内膜碎片、各种活性酶及生物因子。如果在月经没有完全干净时同房，怀孕的概率较低，因为此时通常没有排卵。但是，经期同房可能会导致以下问题：
1.感染：月经期间，子宫内膜脱落形成创面，宫颈口松弛，此时同房，男性生殖器可能会把细菌带入阴道，经血是细菌等微生物的良好培养基，细菌极易滋生，沿子宫内膜内许多微小伤口和破裂的小血管扩散，感染子宫内膜，甚至可累及输卵管和盆腔器官，从而给女方带来不必要的麻烦。
2.月经过多、经期延长：此时同房，男性生殖器可能会刺激女性子宫，导致月经量增多，经期延长。
3.子宫内膜异位症：经期同房，可能会使脱落的子宫内膜种植在子宫颈、子宫内、直肠等部位，形成子宫内膜异位症，从而引发痛经、性交痛、月经失调等问题。
4.免疫性不孕：经期同房，可能会导致精子抗体的产生，从而引起免疫性不孕。
因此，为了双方的健康，建议在月经完全干净2-3天后再同房。如果在经期同房后出现腹痛、发热、白带异常等症状，应及时就医，以免延误病情。