三个月宝宝耳朵里有黄油耳屎，可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。以下是一些可能的原因：
1.耵聍腺分泌旺盛：宝宝的耵聍腺分泌旺盛，外耳道相对狭窄，不能及时排出耵聍，就会形成黄色或棕色的油性耳屎。
2.湿疹：宝宝有湿疹时，可能会导致外耳道皮肤潮湿，刺激耵聍腺分泌更多的耵聍。
3.感染：外耳道炎、中耳炎等感染性疾病可能导致耳屎增多、变黄，并伴有异味。
4.过敏：宝宝对某些食物、药物或环境过敏，也可能引起耳部症状。
5.其他：先天性外耳畸形、外耳道狭窄等也可能导致耳屎异常。
如果宝宝耳朵里的耳屎没有其他异常，如异味、瘙痒、疼痛等，通常不需要特殊处理。可以用干净的棉签轻轻擦拭外耳道，但不要深入耳道内。如果耳屎较多，影响宝宝听力或出现其他异常，建议及时就医，由医生进行处理。
需要注意的是，不要自行使用镊子、挖耳勺等工具给宝宝挖耳屎，以免损伤外耳道或鼓膜。同时，要保持宝宝耳部清洁干燥，避免水进入耳道。如果宝宝有湿疹、感染等疾病，应及时治疗。
如果对宝宝的耳部情况有任何疑虑，最好咨询医生的意见。医生会根据具体情况进行评估，并给出适当的建议和治疗方案。