同房时小肚子疼可能是盆腔炎、子宫内膜异位症、宫颈炎等原因所致，可以通过药物、手术等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.盆腔炎：女性生殖系统有自然的防御功能，在正常情况下，能抵御细菌的入侵，只有当机体的抵抗力下降，或由于其他原因使女性的自然防御功能遭到破坏时，才会导致盆腔炎的发生。主要表现为下腹痛、阴道分泌物增多、性交痛等。治疗方法主要是药物治疗，常用的药物有抗生素、妇炎康等。同时，还可以配合物理治疗，如短波、超短波、离子透入等。
2.子宫内膜异位症：具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位时，称为子宫内膜异位症。主要表现为痛经、性交痛、月经异常等。治疗方法主要有药物治疗、手术治疗和介入治疗等。
3.宫颈炎：是妇科常见疾病之一，多见于育龄妇女，为宫颈受损伤和病原体侵袭而致，包括子宫颈阴道部炎症及子宫颈管黏膜炎症。主要表现为阴道分泌物增多、性交后出血、下腹或腰骶部疼痛等。治疗方法主要是药物治疗和物理治疗，常用的药物有保妇康栓、消糜栓等。
患者在治疗期间需要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免食用辛辣、刺激性食物。同时，还应避免性生活，以免加重病情。