多囊卵巢综合征的鉴别诊断需要综合多方面来进行。首先，多囊卵巢综合征的诊断需要结合临床表现、激素水平和超声检查等。一般来说，临床中会通过检测性激素六项等指标来辅助鉴别。
与高雄激素血症疾病鉴别
先天性肾上腺皮质增生症： 这是一种常染色体隐性遗传病，患者会出现高雄激素表现，如多毛、痤疮等，同时会有皮质醇水平异常，血17-羟孕酮明显升高，可通过相关激素检测来区分。卵巢男性化肿瘤： 像卵巢支持 - 间质细胞瘤等卵巢男性化肿瘤，也会导致高雄激素血症，通过超声检查发现卵巢有占位性病变，结合肿瘤标志物等检查可与多囊卵巢综合征鉴别。
与排卵障碍性疾病鉴别
早发性卵巢功能不全： 患者会有排卵障碍，表现为月经紊乱等，但其抗苗勒管激素水平降低，FSH（促卵泡生成素）水平升高，与多囊卵巢综合征的激素变化不同。高泌乳素血症： 泌乳素升高会影响排卵，导致月经紊乱等，通过检测泌乳素水平可鉴别，多囊卵巢综合征患者泌乳素一般正常，而高泌乳素血症患者泌乳素明显升高。
与代谢异常疾病鉴别
2型糖尿病： 多囊卵巢综合征患者常伴有胰岛素抵抗，部分会发展为2型糖尿病，但是2型糖尿病有其特定的血糖代谢指标变化，如空腹血糖、糖化血红蛋白等明显异常，而多囊卵巢综合征患者的血糖代谢变化有其特点，可通过血糖及胰岛素相关检测来区分。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响内分泌，导致月经紊乱等类似多囊卵巢综合征的表现，但甲状腺功能异常可通过甲状腺激素水平检测明确，甲状腺激素水平与多囊卵巢综合征的激素情况不同。