指甲盖上凹凸不平可能是营养不良、真菌感染、扁平苔藓、甲银屑病等原因所致，可以通过改善饮食、药物治疗、物理治疗等方式进行改善，建议及时就医。具体分析如下：
1.营养不良：长期饮食不规律、挑食、节食等可能会导致体内缺乏维生素、微量元素等营养物质，从而引起指甲盖上凹凸不平。患者可以通过改善饮食结构，多吃一些富含维生素、蛋白质的食物，如蔬菜、水果、鸡蛋、牛奶等，同时还可以在医生的指导下服用多维元素片、维生素D滴剂等药物进行治疗。
2.真菌感染：指甲受到真菌感染后，可能会出现指甲增厚、变色、凹凸不平等症状。患者可以在医生的指导下使用抗真菌药物进行治疗，如盐酸特比萘芬乳膏、酮康唑乳膏等。如果指甲受损严重，还可以通过拔甲术等方式进行治疗。
3.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，可能会导致指甲出现纵行的沟纹、甲板变薄、凹凸不平等症状。患者可以在医生的指导下使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，如泼尼松龙片、他克莫司软膏等。
4.甲银屑病：甲银屑病是一种慢性炎症性疾病，可能会导致指甲出现点状凹陷、甲板增厚、分离等症状。患者可以在医生的指导下使用角质促成剂、角质松解剂等药物进行治疗，如卡泊三醇软膏、他卡西醇软膏等。
5.其他：指甲受到外伤、长期接触化学物质等也可能会导致指甲盖上凹凸不平。
患者在治疗期间需要注意保持指甲清洁卫生，避免长时间泡水、接触化学物质等。同时还可以适当食用一些富含蛋白质、维生素的食物，如鸡蛋、牛奶、苹果、橙子等，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒、生姜等。