怀孕三个月时出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕三个月时，胎儿发育尚不稳定，过度劳累、性生活、剧烈运动等可能导致先兆流产，出现褐色分泌物。此外，胚胎发育异常、孕妇患有全身性疾病等也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，同时伴有阵发性下腹部疼痛或腰背疼痛，应及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮、地屈孕酮等。
2.前置胎盘：前置胎盘是指胎盘附着在子宫下段或覆盖在子宫颈内口处，妊娠28周后，胎盘位置仍低于胎儿先露部，可能导致孕期无痛性阴道流血，出血量一般较少，可表现为褐色分泌物。如果B超检查发现前置胎盘，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时密切观察阴道流血情况，如有大量出血应及时就医。
3.其他：怀孕三个月时，褐色分泌物还可能与宫颈息肉、胎盘边缘血窦破裂等因素有关。
总之，怀孕三个月出现褐色分泌物时，需要引起重视，及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。