怀孕三个月时出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕三个月时胎儿还不太稳定，剧烈运动、提重物、性生活等可能导致先兆流产，出现褐色分泌物。此外，胚胎发育异常、孕妇患有全身性疾病等也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，同时伴有阵发性下腹部疼痛或腰背疼痛，应及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，如卧床休息、使用黄体酮等孕激素。
2.前置胎盘：前置胎盘是指胎盘附着在子宫下段或覆盖在子宫颈内口处，妊娠28周后，胎盘位置仍低于胎儿先露部，可能导致孕期无痛性阴道流血，出血量一般较多，可反复发生。如果B超检查发现前置胎盘，孕妇应卧床休息，避免劳累和性生活，同时密切观察阴道流血情况，必要时需住院治疗。
3.胎盘早剥：胎盘早剥是指妊娠20周后或分娩期，正常位置的胎盘在胎儿娩出前，部分或全部从子宫壁剥离，也是孕期严重的并发症之一，可导致孕妇腹痛、阴道流血，严重时可出现休克。如果B超检查发现胎盘早剥，需要立即住院治疗，根据病情严重程度选择保守治疗或手术治疗。
4.其他：孕妇患有宫颈息肉、宫颈癌等疾病时，也可能出现阴道流血，表现为褐色分泌物。此外，孕妇过度劳累、压力过大、情绪波动等也可能导致先兆流产。
总之，怀孕三个月时出现褐色分泌物需要引起重视，应及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，加强营养，按时产检。