儿童调理肠胃的药有多种，常见的有益生菌类药物，比如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群，一般适用于因肠道菌群失调引起的儿童肠胃不适，临床应用较为广泛。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等。但对本品过敏者禁用。双歧杆菌三联活菌散： 主要成分是长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌。用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、慢性腹泻、抗生素治疗无效的腹泻及便秘。不过，抗生素可能会减弱其疗效，如需同时使用抗生素，需间隔2-3小时。
健脾消食类中成药
小儿健脾散： 由人参、白术、茯苓、甘草、陈皮等多味中药组成，具有健脾、和胃、化滞的功效。用于小儿脾胃虚弱引起的消化不良，不思饮食，大便溏泻，体弱无力。需注意忌食生冷、油腻等不易消化食品。醒脾养儿颗粒： 由毛大丁草、山栀茶、一点红、蜘蛛香组成，有醒脾开胃，养血安神，固肠止泻的作用。用于脾气虚所致的儿童厌食，腹泻便溏，烦躁盗汗，遗尿夜啼。婴儿应在医师指导下服用。
肠胃黏膜保护剂
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素、气体等有极强的固定、抑制作用，使其失去致病作用；此外对消化道黏膜还具有很强的覆盖保护能力，修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，具有平衡正常菌群和局部止痛作用。儿童可以安全服用，但过量服用易引起便秘。服用时需注意，本品可能影响其他药物的吸收，如需同服其他药物，建议间隔1-2小时。