长期佩戴美瞳可能会导致眼睛不舒服，这可能是由于以下原因引起的：
1.角膜缺氧：美瞳会阻挡部分氧气进入眼睛，导致角膜缺氧。长期缺氧可能会引起角膜水肿、炎症等问题，从而导致眼睛不适、发红、疼痛等症状。
2.感染：如果佩戴美瞳时不注意卫生，或者美瞳护理不当，可能会导致细菌、真菌等感染，引起角膜炎、结膜炎等眼部感染，从而导致眼睛不舒服、分泌物增多、视力模糊等症状。
3.过敏：有些人对美瞳的材料或护理液中的成分过敏，可能会引起眼部过敏反应，导致眼睛红肿、瘙痒、流泪等症状。
4.其他问题：长期佩戴美瞳还可能会导致干眼症、视力下降等问题，从而引起眼睛不舒服。
如果出现眼睛不舒服的症状，应立即停止佩戴美瞳，并及时就医。医生会根据具体情况进行诊断和治疗。同时，为了保护眼睛健康，建议选择质量可靠的美瞳产品，并严格按照说明书进行佩戴和护理。此外，定期进行眼部检查也是非常重要的。