囊肿是否会自己消失不能一概而论，一般较小的生理性囊肿有可能自行消失，比如卵巢的生理性黄体囊肿，部分在月经周期结束后可能缩小或消失，但这类情况大概占一定比例，并非所有囊肿都能自己消失。
不同部位囊肿的情况
肝囊肿：
单纯性肝囊肿：大多数单纯性肝囊肿生长缓慢，小的肝囊肿通常不会引起症状，也不会自行消失，但如果囊肿很小且无症状，定期复查即可，一般每年做次超声观察大小变化。寄生虫性肝囊肿：比如肝包虫囊肿，不会自己消失，需要通过手术等专业治疗手段处理。
肾囊肿：
单纯性肾囊肿：较小的单纯性肾囊肿多数不会自行消失，当囊肿直径小于4厘米且无症状时，可定期复查肾脏超声，观察囊肿变化。如果囊肿直径大于4厘米，有压迫症状等情况，可能需要进一步处理。遗传性肾囊肿病：像多囊肾这类遗传性疾病引起的肾囊肿，不会自己消失，而且会随着时间进展逐渐增多、增大，可能影响肾功能。
卵巢囊肿：
生理性卵巢囊肿：常见的卵泡囊肿和黄体囊肿，部分在月经周期结束后可能缩小或消失，比如卵泡囊肿，有的可能在1 - 2个月经周期后复查超声时变小或消失，但不是所有都能这样，需要动态观察。病理性卵巢囊肿：如巧克力囊肿（子宫内膜异位囊肿）、浆液性囊腺瘤等，一般不会自己消失，往往需要根据具体情况采取药物治疗或手术治疗。