怀孕40天宫内宫外都没有孕囊，可能是以下原因。
1.受孕时间晚：受精卵可能还没有到达子宫，或者到达子宫的时间太短，超声还无法检测到。
2.宫外孕：孕囊可能着床在子宫以外的部位，如输卵管、卵巢、腹腔等。
3.生化妊娠：虽然精子和卵子结合形成了受精卵，但是受精卵没有在子宫内着床，而是随着月经一起排出体外。
4.胚胎发育不良：受精卵本身存在问题，导致胚胎发育缓慢或停止发育。
5.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫疾病，也可能影响孕囊的着床和发育。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要进一步检查和诊断。如果怀孕40天宫内宫外都没有孕囊，建议及时就医，进行血HCG（人绒毛膜促性腺激素）检测、孕酮检测、B超等检查，以明确原因，并采取相应的措施。如果是宫外孕，需要及时治疗，以避免发生危险；如果是其他原因，可以在医生的指导下进行观察或治疗。同时，在等待检查结果和治疗期间，应注意休息，避免剧烈运动和性生活。