甲状腺乳头状癌的具体引起原因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为与之有关。目前研究发现，遗传因素可能是一个方面，约有5%-10%的甲状腺乳头状癌患者存在家族遗传倾向，有相关基因突变的人群患甲状腺乳头状癌的风险相对较高。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 若家族中有亲属患有甲状腺乳头状癌，那么其他家族成员患该病的风险会有所增加。比如某些特定的基因发生突变时，就可能使个体更容易患上甲状腺乳头状癌。基因突变影响： 一些特定的基因突变，像RET/PTC基因重排等，与甲状腺乳头状癌的发生发展密切相关。当这些基因出现异常改变时，会影响甲状腺细胞的正常生长和分化，进而增加患甲状腺乳头状癌的几率。
辐射因素影响
儿童期辐射暴露： 儿童时期如果受到头颈部的辐射照射，比如因某些疾病进行过颈部放疗等，会显著增加患甲状腺乳头状癌的风险。有研究表明，儿童期接受过颈部辐射的人群，患甲状腺乳头状癌的可能性比没有辐射暴露的人群高出数倍。辐射类型与剂量： 不同类型的辐射以及不同的辐射剂量对甲状腺乳头状癌的影响不同。一般来说，大剂量的电离辐射更易诱发甲状腺乳头状癌，而且辐射的时间、方式等都会对发病产生作用。
激素水平影响
雌激素水平： 有研究发现，女性体内雌激素水平的变化可能与甲状腺乳头状癌的发生有关。在女性的青春期、妊娠期等雌激素水平波动较大的时期，患甲状腺乳头状癌的风险可能会有所不同。比如妊娠期女性，由于体内雌激素水平升高，甲状腺乳头状癌的发病情况可能会受到一定影响，但具体机制还在进一步研究中。促甲状腺激素（TSH）： 长期促甲状腺激素水平升高可能会刺激甲状腺细胞增生，从而增加甲状腺乳头状癌的发生风险。当甲状腺长期处于TSH刺激的状态下，甲状腺细胞不断受到刺激进行分裂增殖，就可能导致细胞发生异常突变，引发甲状腺乳头状癌。