肝癌患者早期多没有特殊的临床表现，到出现临床症状，如出现右上腹的胀痛、隐痛不适以及牙龈出血等情况，多处于肿瘤的中期或者晚期，此时患者通过上腹部的增强加平扫CT(肝脏三期CT)，如果肿块出现造影剂的快进快出表现，而且合并有临床的症状，如上腹部的胀痛不适以及牙龈的出血，或者出现乏力、近期体重急剧下降的情况，临床多诊断为肝癌。
此时需要进一步住院抽血查甲胎蛋白，以及其余肿瘤标志物。如果患者发现甲胎蛋白升高，而且升高幅度较高(处于100ng/mL以上)，或者处于正常值稍高两倍的数值，连续3个月以上，应高度怀疑患者有原发性肝癌的可能。
但是对于肝癌的确诊，需要取病理学诊断依据，即手术切除病灶送病理科，病理切片检查之后可以确诊;或者是肝脏肿物的活检穿刺送病理科，行病理科的切片染色检查。
经病理检查确诊为原发性肝癌的患者，是临床确诊的依据。