怀孕三个月时孕酮水平仍然较低，可能会增加流产的风险。但具体的处理方法需要根据个体情况来决定，以下是一些可能的建议：
1.就医检查：医生会进行详细的身体检查和评估，包括超声检查以确定胎儿的发育情况。他们可能会建议进一步检查，如孕激素水平的测定或其他相关检查，以了解低孕酮水平的原因。
2.补充孕激素：如果确定孕酮水平低是导致问题的原因，医生可能会建议口服或阴道使用孕激素补充剂。这些药物可以帮助提高孕酮水平，支持胎儿的发育。
3.休息和卧床：医生可能会建议适当休息，避免剧烈运动和过度劳累。卧床休息有时也可能被推荐，以减轻子宫的压力。
4.定期复查：需要密切监测孕激素水平和胎儿的发育情况。医生会根据复查结果来调整治疗方案。
5.注意生活方式：保持健康的生活方式对于孕期的健康也很重要。这包括均衡的饮食、充足的睡眠、避免吸烟和饮酒等。
6.心理支持：面对孕酮低的情况，孕妇可能会感到焦虑和担忧。医生会提供心理支持，帮助孕妇应对情绪上的压力。
需要注意的是，每个孕妇的情况都是独特的，治疗方案应根据个体情况制定。如果对孕酮水平低或其他孕期问题有任何疑虑或担忧，应及时咨询医生，以便获得个性化的建议和指导。此外，遵循医生的建议并按时进行产前检查是确保孕期顺利的重要步骤。