怀孕三个月孕酮低，关键要及时检查胎儿生长发育状况。具体如下：
一、注意观察：妊娠时血清孕酮水平会随孕期增加而稳定上升，早期主要源于卵巢黄体，中晚期则由胎盘分泌，能让增生期子宫内膜转化为分泌期，给孕卵着床及早期胚胎营养提供有利条件并维持妊娠。若怀孕三个月孕酮低但超声检查胎儿生长发育良好，孕妇也无阴道流血等不适症状，那就无需特殊处理，只需注意观察并适当休息即可。
二、保胎治疗：尽管理论上孕酮水平随孕周增长而增加，但并非直线上升而是呈脉冲式。此时更要关注孕妇的临床症状。若有先兆流产征兆，就需进行保胎治疗，比如补充黄体酮，后续还需严密观察胎儿生长发育情况。
三、终止妊娠：怀孕三个月时，若因染色体异常等导致胎死腹中，胚胎停育表现为胎心、胎芽消失等，可能会引发孕酮低，常伴有人绒毛膜促性腺激素水平急剧下降，此时必须及时通过手术终止妊娠。
总之，怀孕三个月孕酮低时要根据具体情况采取相应措施，以保障孕妇和胎儿的健康。