1.避孕药：可以抑制排卵，减少月经量，缓解痛经。常用的有炔雌醇环丙孕酮片、去氧孕烯炔雌醇片等。
2.孕激素：可以使子宫内膜萎缩，缓解巧克力囊肿引起的痛经。常用的有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
3.高效孕激素：可以抑制子宫内膜生长，使巧克力囊肿缩小。常用的有醋酸甲羟孕酮分散片、醋酸甲地孕酮分散片等。
4.GnRH-a：即促性腺激素释放激素激动剂，通过抑制垂体分泌促性腺激素，从而抑制卵巢甾体激素的生成，使异位内膜萎缩、不敏感，达到治疗目的。适用于有较大卵巢巧克力囊肿、痛经明显的患者。常用的有亮丙瑞林、戈舍瑞林等。
5.中药：中医认为巧克力囊肿是由于瘀血内停、肝郁气滞、寒凝血瘀等原因引起的，可以根据患者的症状、舌苔、脉象等辨证论治，选择活血化瘀、软坚散结、疏肝理气、温经散寒等中药或中成药进行治疗。常用的中药有桂枝茯苓胶囊、散结镇痛胶囊、少腹逐瘀丸等。
需要注意的是，药物治疗只能缓解症状，不能根治巧克力囊肿。如果巧克力囊肿较大（直径大于5cm）、痛经严重、药物治疗无效或有生育要求，应考虑手术治疗。手术治疗的方法有腹腔镜手术和开腹手术，具体选择哪种手术方式，应根据患者的年龄、症状、生育要求等因素综合考虑。
此外，巧克力囊肿患者在药物治疗期间，应定期复查B超、性激素六项等，以了解病情变化。同时，应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，避免紧张、焦虑等不良情绪。饮食上应避免食用辛辣、生冷、油腻等刺激性食物，多吃一些富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，如新鲜的蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等。
以上内容仅供参考，具体治疗方案应在医生的指导下进行。