巧克力囊肿吃中药有一定辅助作用，但很难完全治愈。一般来说，中药可在一定程度上缓解症状、调节机体状态，但对于较大的巧克力囊肿，单纯靠中药往往难以消除病灶。
中药的辅助作用体现
调节内分泌： 部分中药可以通过调节人体内分泌系统来发挥作用。比如一些具有活血化瘀、疏肝理气功效的中药，可能有助于改善因内分泌失调引发的巧克力囊肿相关问题。例如，柴胡疏肝散类的方剂，在一定程度上能对内分泌的紊乱起到调整作用。缓解症状： 对于巧克力囊肿患者出现的痛经、月经不调等症状，中药有一定的缓解效果。像一些温经散寒、活血止痛的中药，能在一定程度上减轻痛经的程度，改善月经的排出情况。一般连续服用一段时间中药后，部分患者的痛经等症状会有所减轻。
中药治疗的局限性
难以消除病灶： 巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢形成的囊肿，囊肿内是陈旧性的血液，形成了一个相对独立的病灶。中药很难直接将这个病灶完全消除。对于较大的囊肿，比如直径超过5厘米的囊肿，单纯依靠中药往往无法使囊肿缩小至正常范围。个体差异明显： 不同患者对中药的反应差异较大。有的患者服用中药后症状改善明显，但有的患者可能效果不显著。这与患者的体质、病情严重程度等多种因素有关。比如体质偏寒的患者和体质偏热的患者，在中药的选用和疗效上会有不同表现。
配合其他治疗的情况
联合手术： 如果考虑手术治疗，中药可以在手术前后起到调理身体的作用。术前服用中药可以改善患者的身体状态，增强体质，为手术创造更好的条件；术后服用中药有助于促进身体的恢复，调节机体的气血等状况。一般建议在手术前后1 - 2周开始配合中药调理。联合西药： 中药也可以和西药联合使用。例如，在使用激素类药物治疗巧克力囊肿时，配合中药可以减轻西药带来的一些副作用，像激素类药物可能引起的胃肠道不适、内分泌进一步紊乱等情况，中药能起到一定的缓解和调整作用。但联合用药需要在医生的指导下进行，避免药物之间发生不良相互作用。