三个月宝宝咳嗽有痰，可能是呼吸道感染、过敏、胃食管反流等原因引起的，可以通过一般治疗、药物治疗等方式缓解，建议及时就医，具体如下：
1.呼吸道感染：可能是病毒或细菌感染引起的，也可能是支原体、衣原体感染导致的。宝宝可能会出现咳嗽、有痰、发热等症状。
治疗：如果是病毒感染引起的，一般不需要特殊治疗，可自行缓解。如果是细菌感染引起的，需要使用抗生素进行治疗，如阿莫西林、头孢呋辛等。如果是支原体、衣原体感染引起的，需要使用大环内酯类抗生素进行治疗，如红霉素、阿奇霉素等。
注意事项：宝宝在治疗期间需要注意休息，保持室内空气流通，多喝水，有助于缓解咳嗽、咳痰的症状。同时，可适当食用梨、枇杷、百合等食物，避免食用辛辣、油腻、刺激性的食物，如辣椒、油炸食品、冷饮等。
2.过敏：如果宝宝对某些物质过敏，如花粉、尘螨、动物毛发等，可能会引起咳嗽、有痰的症状。
治疗：首先需要明确过敏原，并避免接触过敏原。同时，可以使用抗过敏药物进行治疗，如氯雷他定、西替利嗪等。
注意事项：宝宝在治疗期间需要注意饮食，避免食用容易引起过敏的食物，如海鲜、芒果、鸡蛋等。同时，要保持室内清洁，定期更换床上用品、清洗衣物等。
3.胃食管反流：由于宝宝的胃容量较小，且胃呈水平位，容易发生胃食管反流，导致咳嗽、有痰。
治疗：可以将宝宝的床头抬高30度，减少反流的发生。同时，可以使用促胃肠动力药进行治疗，如多潘立酮、莫沙必利等。
注意事项：宝宝在治疗期间需要注意饮食，避免食用过多的食物，尤其是高脂肪、高蛋白的食物。同时，要避免宝宝哭闹、仰卧等，以免加重反流。
总之，三个月宝宝咳嗽有痰的原因较多，需要及时就医，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意宝宝的饮食和生活习惯，保持室内空气流通，避免接触过敏原等。